市農業科學研究中心內設機構共有11個，分別為辦公室、人事科、計劃財務科、總務科、科研科、糧食與油料作物研究所、園藝作物研究所、經濟作物研究所、蠶業技術研究所、水產畜牧研究所、蔬菜研究所。

   （一）辦公室。負責單位日常運轉工作。承擔文電、會務、調研、機要保密、政務公開、檔案、信息、宣傳、績效、信訪及重要文稿起草等工作；牽頭負責單位內部制度建設和監督檢查工作。
   （二）人事科。負責干部人事、機構編制、勞動工資、教育培訓等工作。
   （三）計劃財務科。負責財務、資產管理工作；負責單位科技發展規劃工作。
   （四）總務科。負責基建、節能減排、安全保衛、環境衛生、農機維護等工作。
   （五）科研科。負責科研項目、科研儀器設施設備的綜合管理及科技推廣服務工作。開展生態農業、休閑農業、信息農業等現代農業的研究、應用與服務工作，開展農業農村發展中的重大課題研究。
   （六）糧食與油料作物研究所。開展糧油作物的基礎研究和應用基礎研究，以及相關農產品深加工、生物技術等領域研究與應用推廣。
   （七）經濟作物研究所。開展木薯、甘蔗、茶葉、中藥材等經濟作物和食用菌的基礎研究和應用基礎研究，以及相關農產品深加工、生物技術等領域研究與應用推廣。
   （八）園藝作物研究所。開展果樹、花卉等園藝作物的基礎研究和應用基礎研究，以及相關農產品深加工、生物技術等領域研究與應用推廣。
   （九）蠶業技術研究所。負責協助制定全市桑蠶行業發展規劃、生產統計等工作；負責桑蠶基礎研究和應用基礎研究，以及相關農產品深加工、生物技術等領域研究與應用推廣。
   （十）水產畜牧研究所。開展水產、畜牧的基礎研究和應用基礎研究，以及相關農產品深加工、生物技術等領域研究與應用推廣。
   （十一）蔬菜研究所。開展蔬菜的基礎研究和應用基礎研究，以及相關農產品深加工、生物技術等領域研究與應用推廣。